Het Defensie Helikopter Commando omhelst momenteel 11 verschillende squadrons, verdeeld over de vliegbases Gilze-Rijen, Leeuwarden, Maritiem Vliegkamp De Kooy en de Amerikaanse legerbasis Fort Hood, Texas. Deze zijn onderverdeeld in vijf operationele squadrons, twee squadrons voor opleiding en expertise, drie squadrons voor materieel en logistiek en, last but not least, twee basis squadrons voor faciliteit en ondersteuning.
| unit | thuisbasis | helikopter | hoofdtaak |
| 7 Sqn | De Kooy | – | opleiding / expertise (maritiem) |
| 298 Sqn | Gilze-Rijen | Chinook | middelzwaar transport |
| 299 Sqn | Gilze-Rijen | – | opleiding / expertise (land) |
| 300 Sqn | Gilze-Rijen | Cougar | special operations force air, maritieme operaties |
| 301 Sqn | Gilze-Rijen | Apache | grondsteun |
| 302 Sqn | Ft Hood, USA | Apache, Chinook | opleiding |
| 303 Sqn | Leeuwarden | AB-412 | opgeheven 15 januari 2015 |
| 860 Sqn | De Kooy | NH90 | SAR / maritieme (scheeps) operaties |
| 930 Sqn | Gilze-Rijen | – | onderhoud |
| 931 Sqn | Gilze-Rijen | – | faciliteit & ondersteuning |
| 932 Sqn | Gilze-Rijen | – | logistiek |
| 990 Sqn | De Kooy | – | onderhoud en logistiek |
| 991 Sqn | De Kooy | – | faciliteit & ondersteuning |
